La Communauté de Communes gère trois déchèteries sur le canton : Auxonne, Athée et Pont.
Les habitants du canton peuvent y amener gratuitement leurs déchets aux horaires d’ouverture. Un gardien est présent dans chaque déchèterie afin de guider au mieux les personnes vers les bennes appropriées pour le type de matériau amené. De plus, un point d’apport volontaire comprenant les trois sortes de conteneurs de tri sélectif (jaune, bleu et vert) est présent dans chaque déchèterie.
Le dépôt de déchets est payant pour les artisans et commerçants. Ces derniers doivent se munir de ticket vendu à la Communauté de Communes au prix de 10€ / m³ (le volume étant limité à 1m3 par semaine).